Байқоңырдан 1961 ж. 12 сәуірде адамзат тарихында тұңғыш рет Гагарин Юрий Алексеевич "Восток" ғарыш кемесімен ғарышқа аттанды. Байқоңыр одан кейін де ғарыш кеңістігін игеруде көптеген жаңашыл бастамалардың старттық орнына айналды. Байқоңырдан Күннің, Айдың, Шолпанның алғашқы жасанды серіктері, "Восток", "Восход", "Союз", "Прогресс" ғарыш кемелері, "Салют", "Мир" орбиталық станциялары, жұмыстар жүргізуге арналған "Протон", "Зонд", "Прогноз", байланыс мақсаты үшін пайдаланылатын және метеорологиялық бақылаулар жүргізуге арналған "Молния", "Экран", "Горизонт", "Радуга", "Метеор", т.б. ЖЖС-тері ұшырылды. Айды, Марсты және Шолпанды зерттеуге арналған ғарыш аппараттары бар РТ-лар да Байқоңырдан аттандырылды. 1991 ж. 2 қазанда тұңғыш қазақ ғарышкері Т. Әубәкіров "Союз Т-13" ғарыш кемесімен Байқоңырдан ғарышқа көтерілді. Ресеймен бірлескен бағдарлама бойынша қазақ ғарышкері Т.А. Мұсабаев ғарышта 3 рет (1994, 1998, 2001) болды. Байқоңыр ғарыш алаңын салуға әр жылдары түрлі мамандықтағы көптеген қазақстандықтар қатысты. Олардың арасыңда Байқоңыр ғарыш алаңының қызметкерлері Қ. Тоқмұхамедов, Б. Межіғұлов, Т. Уәшев, К.Әбілғазин, полковник Ә. Исмаилов, М. Құлымгереев, Қ. Нұрмағамбетов, С. Мұхаметқалиев, Б. Ешімов, Қ. Нұрмұқанов, Р. Құлмырзаев, М. Мұқанов, т.б. болды. Қазақстан азаматы, ұшқыш-сынақшы, майор М.З. Рафиков алғашқы ғарышкерлер тобында Ю.А. Гагаринмен бірге дайындықтан өтті. Байқоңыр ғарыш алаңы 1991 ж. Қазақстан Республикасының иелігіне өтіп, 1993 ж. Ресей Федерациясына 20 жылға берілді. Байқоңыр кешенін пайдаланудың экологиялық зардаптары байқалды. Байқоңыр кешенінен Қазақстан Республикасы аумағына жылына 30 — 35 мың т. улы заттар таралады. Ракеталардан түскен қалдықтар Қарағанды, Павлодар және Шығыс Қазақстан облыстарына зиян келтірді.
